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미국 국가생물공학센터/Blast 기법 I | 이번 모듈에서는 미국 국립 중앙 약학 도서관에서 운영하는 국가생물공학센터(NCBI)가 제공해주는 엄청난 양의 자료들을 접해본다. 방대한 NR 서열 데이터베이스에서 유사 시퀀스를 찾아보기 위해 Blast 리서치도 한다. 유전자 혹은 단백질 기능을 예측하는데 중요한 상동관계를 추론하기 위해서 위에서 언급한 유사 시퀀스를 사용할 것이다. | ![]() |
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Blast 기법 II/비교 게놈 | 이번 모듈에서 우리는 계속해서 NCBI에서 구할수 있는 자료를 탐구해볼 것이다. BlastP, PSI-Blast 그리고 Translated Blast 등 다양한 기법의 Blast 연구를 수행한다. 이러한 방법으로 찾아낸 비슷한 서열을 사용하여 상동관계를 유추해본다. 또한, 서로 다른 종의 게놈의 일부분을 비교하여 비슷한 점을 찾아보도록 한다. | ![]() |
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다중서열정렬 | 이번 모듈에서 Clustal, DiAlign, 그리고 MAFFT를 활용하여 다중서열정렬을 해본다. 다중서열정렬은 배열 내에서 보존적인 구역과 가변적인 구역이 어디인지 알려주는데 이것은 서열을 생물학적으로 이해하는데 매우 중요하다. 다수 종의 배열을 확대시키는 PCR 프라이머를 만드는 것과 같은 실용적인 응용법도 있다. | ![]() |
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복습: 국가생물공학센터/Blast 기법 I/Blast 기법 II/비교 게놈, 그리고 다중서열정렬 | ![]() |
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계통학 | 이번 모듈에서는 지난 번 실험에서 만든 다중서열정렬로 neighbor-joining과 최대 확률 방법으로 계통학적 분석을 해본다. 이러한 분석을 통해 나온 나뭇가지 모양 구조는 서열들이 얼마나 밀접하게 연관되어 있는지 보여주며 진화 과정 중 분화와 유전자 중복이 일어난 시기를 알려준다. | ![]() |
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선택 분석 | 이번 모듈에서는 박테리아에서 이종상동성 유전자 배열을 추출하고 데이타몽키를 사용하여 분석해본다. 양성, 음성, 혹은 중립 선택이 일어나는 구간이 있는지 찾아본다. 이런 분석은 생물학적 기능에 중요한 (음성 선택 영향을 받는) 잔여물 혹은 약물, 병원체 등의 외부 요인에 반응하는 (양성 선택 영향을 받는) 잔여물을 발견하기 때문에 단백질 배열 해독을 이해하도록 한다. | ![]() |
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후세대 연속물 분석 (RNA염기서열) / 메타유전학 | 이번 모듈에서는 DNA 염기서열 결정법의 비용의 감소되면서 얻을 수 있었던 데이터를 알아보도록 한다. RNA 염기서열을 몇 종류 배우고, 특정 유전자 어디서 발현되었는지 그리고 이 유전자가 어떻게 다른 방법으로 접속될 수 있는지 탐구한다. 또한, 메타게놈 데이터로 어떤 환경 적소에서 어떤 종류의 종이 살아가는지 알아본다. | ![]() |
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복습: 계통학, 선택 분석, 후세대 연속물 분석 (RNA염기서열)/메타유전학 + 최종평가 | ![]() |